Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, -, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: BERNA ERDOĞDU
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Tülin Özbek
Eş Danışman: Mehmet Özbil
Özet:
Antibiyotiklere dirençli patojenik bakterilerin varlığı ve yeni antibiyotiklerin keşfedilme potansiyelinin azalması enfeksiyon hastalıklarını önemli bir tıbbi sorun haline getirmiştir. Antibakteriyel ajanların keşfi kadar tespit, tanı ve hedeflemeye yönelik moleküllerin geliştirilmesi de son derece kritik öneme sahiptir. Sunulan tezde, özellikle ülkemiz hastane enfeksiyonlarında dirençli patojen dağılımında ilk sıralarda yer alan antibiyotik dirençli Acinetobacter baumannii farklı suşlarının neden olduğu hastalıkların tespit, tanı ve tedavisinde kullanılabilecek platformlara entegre edilebilecek mutant phi AB6 Kuyruk Spike Proteinin hesaplamalı yaklaşımlarla dizaynı amaçlanmıştır. Bakteriyofajların konakçısını etkin bir şekilde tanımasını sağlayan ve faj enfeksiyonunun ilk aşamasını oluşturan faj kuyruk proteini-bakteri reseptör etkileşimlerinin aydınlatılmasının esas alındığı bu tezin yöntem aşamasında izlenen ilk strateji; phi AB6 Kuyruk Spike Proteininin moleküler dinamik simülasyonlarının yapılması sonrası hedeflenen kapsül birimi ligantlarının (1, 2, 4, 6, 12 ve 37) tasarlanması ve yabanıl ϕAB6 Kuyruk Spike Proteinin ilgili ligantlara yanaştırılarak bağlanma bölgelerinin ortaya çıkarılmasıdır. İkinci strateji ise; aktif bölgede yer alan ortak bağlanma cebine bağlanmayan ligantların proteinle etkileştikleri amino asitlerin ortak bağlanma cebine sanal mutasyonlarla ilave edilmesi, elde edilecek mutant ϕAB6 Kuyruk Spike Proteinin moleküler dinamik simülasyonlarının yapılması ve hedef ligantların mutant phi AB6 Kuyruk Spike Proteinde hedeflenen ortak cebe bağlanma profilinin tespitidir. Sunulan tezde elde edilen verilere göre phi AB6 Kuyruk Spike Proteininde yapılan mutasyon denemelerinden Asn207, Gln282 ve Ala303 mutasyon kombinasyonları altı kapsül tipini de tanıyıcı özellik gösteren bağlanma cebi oluşturmuştur. Tek protein ile tespit, tanı ve tedavi süreçlerine entegre edilebilecek araç molekülün tasarlanacağının gösterilmesi, literatürde benzer bir çalışmanın bulunmaması tez çalışmasının yenilikçi ve özgün yanını ortaya koymaktadır.