Tütün Bitkisinde Lignin Modifikasyonu için COMT geninin Crispr/Cas9 Yöntemi Kullanılarak Susturulması
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2025
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: BARIŞ GÜL
Danışman: Sevgi Maraklı
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Tütün bitkisi (Nicotiana tabacum L.), dünya genelinde yaygın olarak yetiştirilen ve farklı amaçlar ile kullanılan bitkilerden biridir. Bitkilerin yapısında bulunan lignin, karmaşık ve düzensiz bir biyopolimerdir. Bitkilere yapısal sağlamlık kazandırır. Aynı zamanda çevresel streslere ve patojenlere karşı dirençte de rol oynar. Bununla birlikte bu sağlam yapı, bitkilerin parçalanmasında çok fazla kimyasalın kullanımına neden olmaktadır. Bu tezin amacı, model bir organizma olan tütün (Nicotiana tabacum L.) bitkisinde lignin sentezinde görevli kafeik asit O-metiltransferaz (COMT) geninin düzenli aralıklı palindromik tekrar kümeleri- CRISPR ilişkili protein 9 (CRISPR-Cas9) aracılı genom düzenleme yöntemi ile susturulmasıdır. Bu amaçla, tütün bitkisinde lignin biyosentezinde görevli COMT geninin dizileri, Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi (NCBI) veri tabanından elde edildi ve "benchling" programı kullanılarak bu genin 1. ekzonuna özgü tek kılavuz RNA (sgRNA) tasarlandı. COMT genine özgü tasarlanan primerler ile kesim-ligasyon reaksiyonları kurularak sgRNA kaseti elde edildi. Kesim-ligasyon reaksiyonu ile CRISPR plazmidine sgRNA kaseti entegre edildi ve pYLCRISPR_NtCOMT2 plazmidi elde edildi. pYLCRISPR_NtCOMT2 plazmidinin, Agrobacterium tumefaciens GV3101 bakterisi ile tütünlere transformasyonu gerçekleştirildi. Elde edilen tütünlerden DNA izolasyonu gerçekleştirildi ve izole edilen DNA'lar dizilemeye gönderildi. Dizileme sonrası elde edilen diziler, NCBI veri tabanında bulunan BLASTn programı kullanılarak karşılaştırıldı ve genin başarılı bir şekilde susturulduğu belirlendi. Bu tez çalışmasında, COMT geni model bir bitki olan tütünde ilk defa susturulmuştur. Elde edilen bilgiler, bitki biyoteknolojisi alanına katkı sağlayacaktır.