ACE2 RESEPTÖRÜNÜN TAHMİNİ MUTASYON NOKTALARININ VE ETKİLERİNİN İN SİLİCO OLARAK BELİRLENMESİ

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, MOLEKÜLER BİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2022

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: EMRE AKTAŞ

Danışman: Nehir Özdemir Özgentürk

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Bir metalopeptidaz çeşidi olan Anjiyotensin dönüştürücü enzim 2 (Ace2 ); 2019 yılının sonunda Çinde ortaya çıkmış ,tüm dünyaya yayılmış ve şiddetli akut solunum yolu sendromu koronavirüs 2'nin (SARS-COV-2) neden olduğu salgında SARS-COV-2'nin konak hücreye girip replike olmasında kritik rol oynamıştır. Bu nedenle pandemiyle birlikte Ace2 üzerine yapılan çalışmalar oldukça hız kazanmış olsa da özelikle üst solunum rahatsızlıklarında, böbrek yetmezliğinde, tansiyon ve kardiyovasküler sistemlerde de çok önemli görevler üstlendiği literatürde belirtilmiştir. Birçok hastalıkta oldukça kritik rolü bulunan bu reseptörün yapısını oluşturan amino asitlerin; bulundukları pozisyonların, olası mutasyon/ delesyonlarda Ace2 reseptörünün kimyasal ya da fiziksel olarak nasıl etkileneceğine dair literatürde çok kısıtlı çalışmalar yapıldığı tespit edildi. Biyoinformatik araçlar kullanılarak Ace2'yi oluşturan amino asitler üzerine in silico ortamda kapsamlı bir çalışma yapılarak olası değişikliklerin etkilerinin gösterilmesi hedeflenmiştir. Ace2'nin amino asit düzeyinde FASTA'sı kullanılmıştır. Ace2'nin yapısının düzensizliğe ve yapılanmasında hangi bölgelerin(pozisyon) rol oynadığı disEMBL aracı tarafından tahmin edildi ve bu tahmin edilen bölgeler tek tek olası mutasyonlar ve delesyonlara maruz bırakılmıştır. G104 ve L108 pozisyonlarının; Protein Varyasyon Etkisi Analiz (PROVEAN) aracıyla Ace2'nin biyolojik aktivite fonksiyonunda, I-Mutant2.0 ile Ace2'nin stabilitesinin değişiminde, HOPE aracıyla Ace2'nin fiziksel (boyut, yük ve hidrofobiklik) değişimlerinde, ExPASyProtParam ile Ace2'nin fiziko-kimyasal parametreleri etkilemesinde, HDOCK aracıyla Ace2'nin- Korona Virüsün yüzey proteiniyle(spike) kenetlenme(docking) skorların değişimlerinde etkili olabilceği valide edildi. Valide edilen bu pozisyonların korunmuş bölgeye ait olmadığı da ConSurf Server tarafından tahmin edilmiştir. G104 ve L108 pozisyonlarındaki olası Ace2 rekombinant adayları olması durumunda alerjen özellikleri de AllerTOPv.2.0 tarafından tahmin edilmiş ve alergen olmadıkları belirlenmiştir. Bu tezdeki sonuçların; üst solunum rahatsızlıklarında önemi artan farklı rekombinant Ace2 adayların belirlenmesinde, ACE2-spike etkileşiminin daha da detaylandırılmasında, Ace2'nin kritik rol oynadığı hastalıklara yönelik çalışmalara olumlu yönde katkı sağlayacak bir kaynak olacağı düşünülmektedir. İleriki çalışmalarımızda bu validasonların in vitro ortamında kanıtlnmasıda düşünülmektedir.