Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: Gülçin BAYKAL
Danışman: Şenay Vural Korkut
Özet:
Amyotrofik Lateral Skleroz, motor nöronların dejenerasyonu ve iskelet kaslarının
atrofisi ile karakterize ilerleyici, ölümcül bir hastalıktır. İnsidansı yılda
2,1/100.000 ve prevalansı yılda 5,4/100.000'dir. Genellikle fokal olarak başlar ve
solunum sistemi felci nedeniyle ölümcüldür. Güncel olarak 100'den fazla gende
ALS'ye neden olan mutasyonlar tanımlanmıştır. Bunlar, hastalık patofizyolojisinin
farklı mekanizmalarına etki eder. MikroRNA'lar olarak bilinen kodlama
yapmayan, tek sarmallı RNA molekülleri, transkripsiyondan sonra mRNA
bozulması yoluyla gen ekspresyonunu düzenlerler. miRNA'lar, Amyotrofik Lateral
Skleroz gibi nörodejeneratif hastalıklar için biyobelirteç olarak kullanılabilir.
Nöronal hücreler mitokondriye oldukça bağımlıdır ve mitokondriyal disfonksiyon
nörodejeneratif hastalıklarla bağlantılıdır. Literatür taramasıyla, mitokondriyal
disfonksiyona neden olan ve ALS patogenezinde rol oynayan SOD1, FUS, TARDBP,
C9orf72, CHCHD10, OPTN, VCP, TBK1 ve BCL2 genleri belirlendi. Enrichr, g:
Profiler ve CROssBAR araçlarını kullanılarak yapılan yolak zenginleştirme
analizlerinde, tanımlanan genlerin ALS, mitokondriyal işlev bozukluğu ve nöron
farklılaşması ile önemli bağlantılara sahip olduğu doğrulandı. In siliko miRNA
tahminleri miRWalk, miRTargetLink, TargetScan ve miRNet veri tabanları
xv
kullanılarak yapıldı. Ortak miRNA'ları seçmek için bir Venn diyagramı aracı
kullanıldı ve 28 miRNA keşfedildi. Belirlenen 28 miRNA miRNet ve TAM araçları
kullanılarak fonksiyonel ve zenginleştirme analizleri için set analizine tabi tutuldu.
Her iki veri tabanında, iki ortak miRNA'nın, hsa-miR-9-5p ve hsa-miR-141-3p'nin
ALS ile bağlantılı olduğu bulundu. İn vitro kısmın da ise, ALS hastalığının teşhis,
izlem ve tedavisinde biyobelirteç olarak kullanılma potansiyeline sahip miRNA'ları
belirlemek için in siliko analizinden elde edilen verilerimizin biyolojik örnekler
üzerinde doğrulanmasıdır. Bu çalışmada yeni tanı almış, herhangi bir ilaç
kullanmaya başlamamış ve ilaç tedavisi gören ALS hastalarından kan örnekleri
alınmıştır. Herhangi bir nörolojik hastalığı olmayan sağlıklı bireylerden ve ALS
dışında nörolojik hastalığa sahip nörolojik kontrollerden kan örnekleri elde
edilmiştir. Tüm örneklerden periferik kan mononükleer hücreleri ve bunlardan
miRNA izolasyonu yapılmıştır. hsa-miR-9-5p ve hsa-miR-141-3p'nin ekspresyon
seviyeleri, gerçek zamanlı qPZR kullanılarak incelenmiştir