Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2024
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: FATMA TOSUN
Danışman: Alper Yılmaz
Özet:
Kanser ve hipertansiyon, dünya genelinde yüksek morbidite ve mortalite oranlarına
sahip iki yaygın ve ciddi hastalıktır. Her iki hastalığın da karmaşık patofizyolojik
mekanizmaları bulunmaktadır. Son yıllarda, biyoinformatik ve sistem biyolojisi
yaklaşımları kullanılarak bu hastalıkların moleküler yolakları daha derinlemesine
incelenmektedir. Kanser ve hipertansiyonun ortak yolaklarının belirlenmesi, bu
hastalıklar arasındaki moleküler bağlantıların anlaşılmasına ve potansiyel tedavi
hedeflerinin ortaya çıkarılmasına yardımcı olabilir.
Bu çalışmanın amacı, kanser ve hipertansiyon ile ilişkili gen ve proteinlerin ağ
analizlerini gerçekleştirerek, her iki hastalığın patogenezinde rol oynayan ortak
yolakları ve bu yolaklardaki önemli dügümleri (hub) belirlemektir.
Kanser ve hipertansiyon hastalıklarının ilerleyişinde benzer semptomlar görülmesi,
iki hastalıgın yolaklarında da benzer mekanizma olabileceği bilgisinin literatürde
yer alması dikkat çeken bir durum olarak nitelendirilebilir. p53 sinyal yolu
ve Wnt Pathway'lerin kanser mekanizmalarında sorumlu oldugu bilinmektedir.
Bazı çalışmalar kanser ve hipertansiyonun moleküler mekanizmasının anlaşılması
için p53 sinyal yolu ve Wnt Pathway'lerin aktivitesinin anlaşılması gerektigini
vurgulamaktadır. Bazı KEGG analizlerine göre kanser sinyal yolları PAH'ın kanser
benzeri patobiyoloji gösterdigini bildirmektedir. P53 aktivitesindeki değişimin
bazı kanser türlerinde damarlarda malformasyon yaratarak vasküler dilatasyon
fonksiyon bozukluğuna, hipertansiyona sebebiyet verdiğinin altıda çizilmektedir.
Bu durum iki hastalıgın ortak moleküler mekanizmasına dair hipotezlerinin
oluşmasına imkan tanımaktadır. Bu sebeplerle çalışmanın amacı kanser ve
hipertansiyonun ortak metabolik yolunu in silico yöntemlerle saptayabilmektir.
Çalışma sonucunda kanser ve hipertansiyon arasındaki ortak genlerin, sinyal
yolaklarının, metabolitlerin ve metabolik yolakların keşfi beklenmektedir.
Yüksek verimli mikrodizi ve dizileme teknolojisinin gelişmesiyle birlikte
biyoinformatik analiz hastalıkların etiyolojisinin araştırılmasına yardımcı olurken gen
mikroarray teknolojisi hipertansiyon ve kanserin patogenezini keşfetmeye imkan
sağlıyor. Bu çalışmada kullanılan veri setleri çevrimiçi PDB veritabanında mevcut
olmakla beraber kanser ve hipertansiyonla ilişkilidir. Sonuç olarak, veri setleri
tezin amacı dogrultusunda -metabolik yolakların ortak noktalarını ortaya çıkaracak
şekilde- seçilmiştir. Ayrıca tercih edilen kanser alt tipleri güncel literatürde
hipertansiyonun çalışıldığı in silico yöntemli makalelere bakılarak tercih edilmiştir.
Bu hedefe ulaştıktan sonra amaç kısmında bahsedilen keşifleri sağlayacak basamak
moleküler simülasyon analizi kullanılarak tahmin edilmesidir. Bu analizlerle
hipertansiyon tipleri ve kanser alt tipleri arasındaki ortak yolağın ve sinyal
yollarının yorumlanması ise son basamaktır.
Sonuç olarak bu çalışma, kanser ve hipertansiyon komorbiditesi için genetik
etiyoloji, biyolojik işlev haritaları, ortak biyobelirteçleri, ortak terapötik hedefleri
ve kombinasyon tedavi stratejileri keşfedilmesine zemin hazırlayabilir. Bununla
beraber ağ analizleriyle belirlenen önemli düğümlerin ve ortak yolakların
deneysel çalışmalarla doğrulanması gerekmektedir. Ayrıca protein ve metabolitler,
endofenotipi temsil eden yapılar olması sebebiyle bu analizleri yapmak önemlidir.
Bu analizler yeni ilaç hedeflerinin belirlenmesine de katkı saglayabilir.