Zeytin (olea europeae) EST’leri (Expressed Sequence Tags) Koleksiyonundan Seçilen Lipid Transfer Geninin Moleküler Analizi

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2015

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: Dilek Çağlar

Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Nehir ÖZDEMİR ÖZGENTÜRK

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Günümüzde kullanılan sınıflandırma sistemlerine göre zeytin, 24 cins 600 türe sahip olan Oleaceae familyasına dahildir [1]. Bölümümüz laboratuvarında daha önce yapılan çalışmada, zeytin bitkisinin yaprak ve meyve örnekleri kullanılarak iki cDNA kütüphanesi kurulmuş, kütüphanelerden rastgele seçilen 3840 adet klon örneklerinin dizi analizleri yapılarak zeytin için EST koleksiyonu oluşturulmuştur. Bu çalışma sonucu elde edilen gen dizinlerinden Phred/Phrap, CAP3 programları kullanılarak kontigler oluşturulmuştur. Çalışmamız için, EST koleksiyonunda stresle ilgili genlerin varlığı araştırılmıştır. Önemli bir stres geni olan lipid transfer geninin dizi bilgisine kontigler ve EST'ler içerisinde rastlanmıştır. Lipid transfer geninin klonlanması amacıyla PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) tabanlı moleküler bir yöntem olan RACE (cDNA Uçlarının Hızlı Çoğaltımı) kullanılmıştır. Kütüphaneden elde edilen kontig dizin bilgisinin 3' ve 5' uçlarına RACE kitinin kullanım kılavuzunda belirtildiği gibi spesifik primerler tasarlanmıştır. Zeytinden izole edilen total RNA'dan ters transkriptaz ile cDNA elde edilmiştir. Invitrogen RACE kitinin protokolü kullanılarak ilk aşamada lipid transfer proteinini kodlayan gene spesifik primer tasarlanarak cDNA'nın 3' ucu uzatılmıştır. Elde edilen cDNA, pGEM-T vektörüne ligasyon ve E. coli kompotent hücrelerine transformasyon aşamalarından sonra plazmid izole edilmiş ve plazmidin istediğimiz geni içerip içermediğini öğrenmek üzere dizin analizine gönderilmiştir. Dizin bilgisi, NCBI veritabanındaki sonuçlarla kıyaslanmış ve kısmi lipid transfer proteini kodlayan gen olduğu belirlenmiştir. Dizin bilgisi kullanılarak, elde edilen cDNA'nın 5' ucuna spesifik primer tasarlanmıştır ve bu primer kullanılarak PCR yöntemi ile cDNA'nın 5' ucu uzatılmıştır. Ligasyon ve kompotent hücrelerine transformasyon aşamalarından sonra plazmid izolasyonu yapılmıştır. Dizin bilgisi elde edilmek üzere dizin analizine gönderilmiştir. Elde edilen dizin bilgisi, NCBI veritabanındaki sonuçlarla kıyaslanmış ve kısmi lipid transfer proteini kodlayan gen olduğu belirlenmiştir. Bu çalışmada, gemlik bitkisinde stresle indüklenen ve bitkide lipid transferi, patojenlere karşı savunma, kütin oluşumu, embriyogenezis, simbiyozis gibi önemli biyolojik görevlere katılan lipid transfer proteini kodlayan genin tamamının klonlanması için ön çalışma yapılmıştır.