KALORİ KISITLAMASINA MARUZ BIRAKILAN MMTV-TGF-α TRANSGENİK FARELERİN OKSİDATİF STRES VE OTOFAJİ İLİŞKİLİ GENLERİN TİMUS DOKUSUNDA EKSPRESYONLARININ GÖSTERİLMESİ
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: HANİFENUR MANCILAR
Danışman: Nehir Özdemir Özgentürk
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Otofaji, hücre içi makro moleküllerin ve organellerin bir kesecik içine alınarak ve lizozomla bir araya gelerek parçalanmasına sebep olan bir mekanizmadır. Uzun ömürlü proteinler ve hücre içi organeller otofaji vasıtasıyla parçalara ayrılır ve meydana gelen yapı taşları (örn. aminoasitler) hücrede tekrar kullanılır. Reaktif oksijen türlerinin (ROT), otofajik kesecik oluşumunda ve otofajinin hücre ölümü ya da hayatta kalımı üzerindeki rolünün düzenlenmesinde etkili olduğu gösterilmiştir. Düşük konsanstrasyondaki reaktif oksijen türleri; hücre adezyonu, apoptoz, hücresel sinyalleşme, transkripsiyon faktörü aktivitesi, hasarların azaltılması, tümör olasılığının azaltılması, patojen olguların azalması, immün işlevlerin değişimi gibi çeşitli fizyolojik süreçler için gereklidir. Açlık ve hipoksi gibi otofajiyi indükleyen farklı stresörler ROT üretimini artırabilir. Kalori kısıtlaması, yetersiz beslenme olmaksızın kalori alımının azaltılması ile uygulanmakta olup canlılarda hayat uzunluğunu arttırdığına dair birçok delil bulunmaktadır. Timus, diğer lenfoid organlar gibi, besin eksikliğine hızla yanıt verir. Kemirgenlerde yapılan kalori kısıtlaması çalışmalarında Aralıklı Kalori Kısıtlamasının (ICR) Kronik Kalori Kısıtlamasına (CCR) ve Ad Libitum (AL) beslenmeye kıyasla tümör gelişmesinde, oto-immünite supresyonunda ve hayat süresinin uzamasında daha etkin bir deneysel manipülasyon olduğu bildirilmiştir. Grubumuz daha önce 2 farklı kalori kısıtlaması ve normal beslenen 18 haftalık MMTV-TGF α (Mouse Tumor Virus Transforming Growth Factor α) farelerinin timus dokularından yeni nesil dizileme teknolojisi kullanarak 3 RNA-Seq verisi elde etmiştir. Bu çalışmada kalori kısıtlamalarına bağlı olarak RNA-Seq DEG verisinde ekspresyonu değişen 17 gen belirlendi. Bu genlerin ekspresyonlarının validasyonu Gerçek Zamanlı PCR (RT-PCR) ile yapıldı. Yaşamlarının 18., 50 ve 82. Haftalarındaki farelerin timus organının dokularından elde edilen total RNA'dan RT-PCR yapıldı. RT-PCR verilerinin analizinde söz konusu 17 genin yaşamın erken, orta ve geç dönemlerindeki ekspresyon düzeylerindeki farklılıkların araştırılması amaçlanmıştır. Bulgularımıza göre AL, CCR ve ICR diyet tiplerinde ekspresyon farkı ortaya çıkmıştır. Bu sonuçlar, otofaji ve oksidatif stres genlerinin ekspresyonlarının kalori kısıtlamasıyla regülasyonlarının değiştiğini göstermiştir. Bu sonuç kalori kısıtlaması, otofaji, oksidatif stres, bağışıklık, kanser gelişimi çalışmaları için yeni ipuçları sağlayacaktır. Anahtar Kelimeler: Kalori kısıtlaması, meme kanseri, otofaji, oksidatif stres, Real Time PCR