GİLABURU BİTKİSİNDE IN SILICO YAKLAŞIMLARLA MİRNA TANIMLANMASI
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2026
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: MERT CAN DÖNMEZ
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Semiha Erişen
Eş Danışman: Sevgi Maraklı
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Gilaburu (Viburnum opulus L.), Adoxaceae familyasına ait, çok yıllık bir çalı bitkisi olup meyvelerinde yüksek oranda flavonoidler, alkolik bileşikler ve polifenoller bulundurması nedeniyle antimikrobiyal ve antikanser özellikler göstermektedir. Ayrıca halk arasında üriner sistem hastalıklarının önlenmesinde ve taş düşürücü olarak yaygın şekilde kullanılmaktadır. MikroRNA'lar (miRNA'lar), yaklaşık 22 nükleotit uzunluğunda, hedef mRNA'lar ile etkileşime girerek gen anlatımının post-transkripsiyonel düzeyde düzenlenmesinde görev alan kodlanmayan RNA molekülleridir. Bitkilerde miRNA'lar; stres yanıtlarının düzenlenmesi, metabolit üretiminde rol alan sinyal yolaklarının kontrolü, hücre farklılaşması ve organ gelişimi gibi temel biyolojik süreçlerde önemli işlevlere sahiptir. Bitki metabolizmasındaki kritik rolleri göz önüne alınarak, bu çalışmada ilk kez V. opulus bitkisinde miRNA'ların in silico yöntemler kullanılarak tanımlanması amaçlanmıştır. Çalışmada miRBase veri tabanında yer alan bitkilere ait olgun miRNA dizileri referans olarak kullanılmış ve bu diziler V. opulus'a ait nükleotit dizileri ile BLASTN programı aracılığıyla hizalanmıştır. Aday pre-miRNA dizilerinin ikincil yapıları RNAfold Web Server kullanılarak oluşturulmuştur. Tanımlanan miRNA'ların hedef genleri ve bu genlerin metabolik yolaklardaki işlevleri; GO ve KEGG analizleri kapsamında OmicsBox BLAST2GO, PANNZER ve KAAS yazılımları kullanılarak belirlenmiştir. Ayrıca, miRNA'ların V. opulus'ta patojen olarak bilinen Diaporthe eres, Viburnum opulus virus 1 ve Pseudomonas syringae pv. viburni genomlarındaki potansiyel bağlanma bölgeleri RNAhybrid programı ile analiz edilmiştir. Çalışma sonucunda Vop-miR1151a, Vop-miR171a, Vop-miR171g ve Vop- miR398b olmak üzere toplam dört miRNA tanımlanmıştır. Bu miRNA'ların gilaburuda iki farklı hedef geni düzenlediği ve söz konusu genlerin hücresel solunumun düzenlenmesi, nişasta biyosentezi ve transglikozidaz aktivitesi gibi temel metabolik süreçlerde görev aldığı belirlenmiştir. Ayrıca, bu miRNA'ların D. eres patojeninin genler arası bölgesine, P. syringae pv. viburni'nin domain içeren protein kodlayan genine ve V. opulus virus 1'in RNA replikasyon poliproteinini kodlayan gen bölgesine potansiyel olarak bağlanabildiği saptanmıştır.