Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Yıldız Teknik Üniversitesi, Kimya-Metalurji Fakültesi, Biyomühendislik Böl., Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2018
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: HATİCE BÜŞRA KONUK
Danışman: Alper Yılmaz
Özet:
Dokulardaki moleküler mekanizmaların anlaşılması için dokuya özgü genlerin tanımlanmalarına ihtiyaç vardır. Tümör içi heterojenite tek bir tümör dokusu içinde çeşitli hücre ve doku tabakalarının bulunması ile ortaya çıkan karmaşık bir süreçtir ve tedavilerde önemli bir zorluktur. Dokuya spesifik genlerin titiz bir şekilde tanımlanması, çeşitli kanserlerde ifadesi değişen genler ve doku spesifik genlerin kesişiminin incelenmesi, doku özgünlüğü kapsamında kanser gen profillerinin tümör içi heterojeniteyi göstermek için analiz edilmesi ve yorumlanması, farklı kanserler için moleküler hedeflerin ortaya konulması ve dokuya özgü genlerin biyolojik süreçlerdeki rollerinin anlaşılması amaçlanmıştır. 96 farklı insan dokusunu kapsayan beş RNA-dizileme projesinden elde edilen gen ifadesi verileri kullanılmıştır. Doku özgüllüğünün titizlikle belirlenmesi için tau ve istatistiksel mesafe entegre edilerek kullanılmıştır. Bu yeni yöntem "genişletilmiş tau" olarak tanımlanmıştır. 16 farklı kanser türüne ait ifadesi değişen genlerin (DEG) dokuya özgü genlerle kesişimleri incelenmiştir. Bundan sonra, 11 primer solid tümör için genlerin ifadesi, dokuya özgün gen sonuçlarının birleştirilmesiyle analiz edilmiştir. Tüm hesaplamalardan sonra elde edilen anlamlı genler işlevsel olarak yorumlanmıştır. Sonuç olarak, doku özgünlüğü için yeni bir yaklaşım kullanarak genler özgün olarak ifade edildikleri birden fazla dokuyla başarıyla eşleştirildi. Daha sonra bir kanser dokusundaki ifadesi değişen genlerin dokuya özgü genlerle çok az örtüştüğü ortaya konuldu. En önemlisi, farklı bir dokuyla sınırlı ifadesi olmasına rağmen kanserde de ifade edilen ve heterojenite için aday biyolojik belirteçler tespit edildi. Çalışmamızda belirlenen genlerin, tümor heterojenitesi veya kanser hücrelerinin genetik kararsızlığıyla ilişkili olduğu çeşitli kanser türleri için literatürde gösterilmiştir. Elde edilen sonuçlar, dokuya spesifik genleri gündeme getirerek uzun yıllardır kanseri anlamaya çalışan bir çok araştırmacının çalışmalarına katkıda bulunacaktır.