Marul mozaik virüsü, marul nekrotik bodurluk virüsü ve marul nekrotik sarılık virüsü'nü hedefleyen miRNA'ların in siliko yaklaşımlarla belirlenmesi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2024
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: EDA ÖZKESER
Danışman: Sevgi Maraklı
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Marul (Lactuca sativa L.) bitkisi dünya çapında en çok yetiştirilen ve tüketilen bitkilerden biri olup besin değeri oldukça yüksektir. Dünya çapında ciddi ekonomik kayıplara sebep olan Marul Mozaik Virüsü (LMV), Marul Nekrotik Bodurluk Virüsü (LNSV) ve Marul Nekrotik Sarılık Virüsü (LNYV) marulun ana viral patojenlerindendir. Bu patojenlere karşı mücadelede farklı yöntemler (radikasyon, sanitasyon ve dezenfeksiyon vb.) kullanılsa da RNAi aracılı koruma çok daha çevre dostu bir çözüm sunmaktadır. RNA interferans (RNAi), küçük dsRNA'ları kullanarak gen anlatımını düzenleyen bir mekanizma olup sprey aracılı gen susturma (SIGS) teknolojisi ile birlikte geliştirilerek patojenlere karşı bitki savunmasında kullanılmaktadır. Bu teknolojide yaygın olarak kullanılan mikroRNA'lar (miRNA'lar) gen anlatımını post-transkripsiyonel ya da post-translasyonel olarak düzenleyen, yaklaşık 20-24 nt uzunluğunda kısa, tek sarmallı, kodlama yapmayan RNA molekülleridir. Bu çalışmanın amacı; marul mozaik, nekrotik bodurluk ve nekrotik sarılık virüslerinin ORF'lerini hedefleyen potansiyel marul miRNA'larını tespit etmek, en etkili miRNA hedef bağlanma bölgelerini tahmin etmek ve sonuçta bu virüslere karşı tanımlanan miRNA dizilerinin kullanım potasiyellerini belirlemektir. Bu amaç kapsamında; miRBase veri tabanından elde dilen bitki miRNA'larını Lactuca sativa (taxid:4236) genomunda araştırmada BLAST, virüs genom organizasyonu ve anotasyonunda SnapGene, pre-miRNA ikincil yapılarının belirlenmesinde RNAfold ve miRNA hedef tahmininde RNAhybrid analizleri gerçekleştirilmiştir. Marul genomunda toplamda 59 tane yeni marul miRNA'sı ilk defa tanımlanmış, ikincil yapıları analiz edilmiş ve hedef tahmin çalışmaları yürütülmüştür. 12 miRNA'nın (lsa-miR7484a, lsa-miR10212, lsa-miR6274, lsa-miR6463, lsa-miR8011a, lsa-miR172a, lsa-miR172b, lsa-miR5564, lsa-miR1520, lsa-miR7777, lsa-miR1440 ve lsa-miR399a) LMV'nin ORF'sini, 25 miRNA'nın (lsa-miR1315, lsa-miR1107a, lsa-miR1107b, lsa-miR6167, lsa-miR166a, lsa-miR166b, lsa-miR8647, lsa-miR7484a, lsa-miR11000, lsa-miR6274, lsa-miR478, lsa-miR8011a, lsa-miR172a, lsa-miR172c, lsa-miR172e, lsa-miR5564, lsa-miR399a, lsa-miR156a, lsa-miR156b, lsa-miR169, lsa-miR6155, lsa-miR172f, lsa-miR7777, lsa-miR6189 ve lsa-miR399b) LNSV'nin ORF'lerini ve 40 miRNA'nın da (lsa-miR828, lsa-miR156c, lsa-miR837a, lsa-miR9567, lsa-miR4393, lsa-miR166c, lsa-miR166d, lsa-miR7531, lsa-miR7486, lsa-miR482, lsa-miR169b, lsa-miR8011b, lsa-miR8028, lsa-miR3630, lsa-miR530, lsa-miR437, lsa-miR11509, lsa-miR823, lsa-miR3446, lsa-miR837b, lsa-miR837c, lsa-miR6167a, lsa-miR6167b, lsa-miR535, lsa-miR172f, lsa-miR166a, lsa-miR166b, lsa-miR7484a, lsa-miR478, lsa-miR8011a, lsa-miR172a, lsa-miR172d, lsa-miR156a, lsa-miR156b, lsa-miR169, lsa-miR6155, lsa-miR2590, lsa-miR10212, lsa-miR6463 ve lsa-miR172b) LNYV'nin ORF'lerini hedeflediği belirlenmiştir. Tanımlanan bu miRNA'ların, marul bitkisinde LMV, LNSV ve LNYV'ye karşı RNAi aracılı direnç kazanmasına yararlı olacağı düşünülmektedir.