Preeklampsili hastaların plasenta ve ilgili dokularından elde edilen RNA dizilerinden yolak analizi

FADİME ARIK

Preeklampsili hastaların plasenta ve ilgili dokularından elde edilen RNA dizilerinden yolak analizi

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2021

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: FADİME ARIK

Danışman: Nehir Özdemir Özgentürk

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Anne ve bebeği olumsuz etkileyerek çeşitli hastalıklara hatta ölüme bile neden olabilen preeklampsi, %2-5 oranında insidans sergilemektedir. Anjiyojenik faktörlerin moleküler düzeyde düzensizliğine dayanan bu hastalık, endotelyal hasar ve koagülopati sergiler. Böbrekteki endotel hasarı proteinüriye neden olurken, damarlarda vazokonstriksiyon disfonksiyonuna; maternal kardiyovasküler sistemi istila ederek kaçınılmaz hipertansiyona neden olur. Bu çalışmada, normal doğum yapan ve preeklampsi hastalarınIN plasental doku, kordon, plasenta yatağı, plasenta kendisinden izole edilen RNA örneklerinden, Yeni Nesil Dizileme yöntemi ile gerçekleştirilen RNA-seq ile gen ekspresyon profilinin çıkarılması, genlerin ilişkili oldukları biyolojik yolaklar ve ağ analizlerinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Önceki çalışmada, Yeni Nesil Dizileme yöntemi ile dizilenen RNA-seq verilerinin analizleri ve farklı ifade edilen genlerin tespiti Tuxedo Protokolü ile gerçekleştirildi. Tez kapsamında, farklı ifade edilen genlerin ileri analizi için 0.05 p_value seviyesinde inceleme yapılarak, anlamlı olarak ifadesi değişmiş genler tespit edildi. Genlerin protein-protein xii etkileşimleri, RStudio kullanılarak KPM 4.0 aracılığıyla belirlendi. Yukarı ve aşağı düzenlenen ilgili genleri belirledikten sonra yolak analizi için g: PROFILER veritabanına ayrı ayrı girildi. Sonuçların GO terimleri ve genlerin hangi yollarda zenginleştirildiği saptanmıştır. CYTOSCAPE 3.8.2, ilgili genlerin düğümlerini ve bağlantılarını görselleştirmek ve KPM şablonuna göre ağ analizi yapmak için kullanıldı. Analiz sonuçlarına göre, aşağı düzenlenen 130, yukarı düzenlenen 256 tane gen bulunmuştur. Hem yukarı regülasyonda hem de aşağı regülasyonda en çok etkileşime sahip gen APP genidir. Aşağı düzenlenen genlerin zenginleştiği yolaklar, kanserde liganda duyarlı EGFR varyantları ile sinyalleşme yolağı, CBL tarafından sinyallemenin düzenlenmesi, Beyin Türevli Nörotrofik Faktör (BDNF) sinyal yolu, Kit reseptör sinyalleme yolağı, Koronavirüs hastalığı-Covid-19, Fc epsilon RI signalleme yolağı, Nörotrofin sinyalleme yolaklarıdır. Yukarı düzenlenen genler ise Östrojen sinyal yolağı, Hücre-hücre iletişimi, Beyin türevli nörotrofik Faktör (BTNF) sinyal yolağı, Kornifiye zarfın oluşumu, Gelişimsel biyoloji, Gastrin sinyalleme yolağında zenginleşmiştir.