Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: DİLAN CAN
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Tülin Özbek
Eş Danışman: Seyfullah Enes Kotil
Özet:
Bakteriler antibiyotiklere adapte olurken çok sayıda değişikliğe uğrar. Dirençli ve
yabanıl tip bakteriler arasındaki farklılıkların karakterizasyonu dirençle
mücadele için kritik bir öneme sahiptir. Bu farklılıklardan gen ifadesi seviyesi ve
nükleotit değişimlerini tanımlamak üzere Tüm Genom Dizilimi ve Transkriptom
Dizileme yöntemleri kullanılmıştır. Adaptasyona aracılık eden bir diğer değişim
ise, esansiyel olmayan genlerin hücresel faktörleri etkileyerek adaptasyondan
sonra bakteri için daha önemli hale gelmesidir. Yapılan çalışmalarda dirençli
mutantların hayatta kalmasında kritik roller üstlenen esansiyel olmayan genlerin
varlığı Transpozon Mutajenez Dizileme ile gösterilmiştir. Fakat birçok antibiyotik
direnci ve mutantı için ortaklık gösterebilecek, dirençli bakterilerin büyümesini
azaltabilecek genler araştırılmamıştır. Bu tez çalışmasında, adaptasyondan
sonra önemi artan genleri belirlemek için laboratuvarda evrimleştirilmiş
Escherichia coli MG1655 (E. coli)’de genom çapında CRISPRi tarama
kullanılmıştır. Ampisilin, doksisiklin, kloramfenikol, oksasilin ve kloramfenikole
dirençli 2 soy hattı elde edilmiştir. İnhibisyonu halinde yabanıl tipe kıyasla
mutant tiplerde daha çok büyüme kusuruna sebep olan genler belirlenmiştir. 28
16
genin adaptasyondan sonra daha önemli hale geldiği belirlenmiştir. En düşük
kat değişim değerini veren 4 gen; lapB, yrfF; mrdA ve rsfS öne çıkmıştır.
Ampisiline adaptasyondan sonra önemi artan 19 genin diğer deney
gruplarından ayrı bir küme oluşturduğu gözlemlenmiştir. Kloramfenikol,
doksasiklin, oksasilin ve spiramisin gruplarında hücre membranı ve zar yapısını
düzenleyen genlerin varlığı tespit edilmiştir. En çok zenginleşen hücresel yollar
DNA replikasyonu, lizin biyosentezi, yanlış baz eşleşmesi tamiri, homolog
rekombinasyon ve peptidoglikan biyosentezi olmuştur. Bu genlerin
tanımlanması, özellikle dirençli suşları hedefleyen, uygun yeni tedaviler
geliştirme potansiyeline sahiptir.