Impact Analysis Algorithms for Biological Interaction Networks

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, -, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2016

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: Ozan Özışık

Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Banu Diri

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Gen ifadesi profillemesi ve genom çapında ilişki çalışmaları bir hastalıkla ilişkili gen listeleri verseler de hastalık fenotipiyle ilişkisi zayıf genlerin bir araya gelerek fenotipe nasıl katkıda bulunabildiklerini açıklayamayabilirler. Bunun için moleküler profillerle biyolojik etkileşimlerin birlikte ele alınmaları gerekir. Bu çalışmada iki aktif modül çıkarım metodu önerilmiştir. Bunlardan ilki bir genetik algoritma tabanlı alt-ağ arama metodu, ikincisi ise bir ağ yayılım metodudur. Burada amaçlanan etkileşim ağlarında etkilenen yolları anlayabilmek ve hastalıkların altında yatan mekanizmaları ortaya çıkarmaktır. Önerilen metotları romatizmalı atardamar yangısı, kafa içi anevrizması ve Behçet hastalığı genom çapında ilişki çalışması veri kümelerine uyguladık ve önerilen metotların hastalıkla ilişkisi bilinen yolakları çıkarmanın yanı sıra yeni mekanizmalar çıkarabildiğini gördük.