Tütün Bitkilerinde Hastalıkla İlişkili miRNA'ların Bilgisayar Ortamında Tanımlanması ve Fonksiyonel Karakterizasyonu

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Yıldız Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2026

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: CİHAN KÜÇÜKYILMAZ

Danışman: Sevgi Maraklı

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Solanaceae (Patlıcangiller) familyasına ait olan tütün (Nicotiana tabacum L.), iyi karakterize edilmiş genomu ve yüksek transformasyon verimliliği nedeniyle moleküler biyoloji ve genetik için bir model organizmadır. Tütün üretimi, önemli ölçüde verim ve kalite kayıplarına yol açabilen çeşitli viral ve fungal patojenler tarafından ciddi şekilde tehdit edilmektedir. Bunlar arasında, tütün mozaik virüsü (TMV), tütün etch virüsü (TEV), Patates Y virüsü (Potato Virus Y, PVY), tütün yaprak kıvırcıklığı virüsü (TLCV) ve Phytophthora nicotianae, dünya çapında tütünü etkileyen yıkıcı hastalıklara neden olmaktadır. Bu çalışmanın amacı, tütün genomunda in siliko analizler ile TMV, TEV, PVY, TLCV olmak üzere dört viral patojen ve bir fungal patojenin (Phytophthora nicotianae) genomunu hedefleyen miRNA'ların tespit edilmesidir. Bu amaçla, referans miRNA'lar miRBase veri tabanından elde edilmiş ve NCBI veri tabanındaki tütün genomuna (taxid: 4097) karşı BLAST işlemi uygulanmıştır. Ardından, potansiyel hedef miRNA'ların ikincil gövde-ilmek (stem-loop) saç tokası yapıları RNAfold kullanılarak oluşturulmuştur. Daha sonra yapılan hedef genler RNAhibrid analizleri ile belirlenmiştir. Tütün genomunda; bu patojenler ile ilgili genleri hedefleyen TMV için 36, TEV için 18, TLCV için 21, PVY için 19 ve Phytophthora nicotianae için 74 adet yeni miRNA dizisi tanımlanmıştır. Bazı miRNA'ların birden fazla ikincil yapı oluşturduğu belirlenmiştir. Bu miRNA'ların TMV için 3 gen (TMVgp1, TMVgp2 ve TMVgp3), TLCV için 2 gen (A6262_gp1 v1 ve A6262_gp2 v2), TEV için 2 gen (TEVgp1 ve TEVgp2), PVY için 1 gen (PVYgp1) ve Phytophthora nicotianae için de 1 geni (rnl) hedeflediği tespit edilmiştir. Bazı miRNA'ların birden fazla hastalıkla ilişkili genleri hedeflediği de belirlenmiştir. Elde edilen bulgular, TMV, TLCV, TEV, PVY ve Phytophthora nicotianae'ye karşı direnç geliştirilmesinde tütün miRNA'larının etkin bir biyoteknolojik araç olarak kullanılabileceğini ortaya koymaktadır.