Mirna-Hedef Gen İlişkileri Kullanarak Göğüs ve Kolon Kanserlerine ait Gen İlgi Ağlarının Çıkarılması


CİNGİZ M. Ö. , DİRİ B.

IEEE 25. Sinyal İşleme ve İletişim Uygulamaları Kurultayı, Antalya, Türkiye, 15 Mayıs 2017, ss.1-5

  • Basıldığı Şehir: Antalya
  • Basıldığı Ülke: Türkiye
  • Sayfa Sayısı: ss.1-5

Özet

Özetçe— Hastalıklara neden olan hücresel süreçlerin belirlenmesi ve bu süreçlerle ilişkili moleküler seviyede ilişkilerinin tespit edilmesi hastalıkların anlaşılması için önemlidir. Çalışmamızda deneylerle belirlenmiş miRNA- hedef gen ilişkileri kullanılarak göğüs ve kolon kanseriyle ilişkili gen ortak ifade ağları elde edilmiştir. Gen ortak ifade ağları çıkarımında popüler bilgi teorisi tabanlı gen ağı çıkarım algoritmaları kullanılmıştır. Literatür verileri doğrulama kümesi olarak belirlenip örtüşme analizi yapılarak gen ağı çıkarım algoritmalarının performansları elde edilmiştir. Elde edilen sonuçlara göre her iki kanser ile ilişkili veriler üzerinde algoritmalar tarafından çıkarılan gen ortak ifade ağlarının kesinlik değerleri birbirlerine yakın çıkmıştır. Bununla birlikte gen ağı çıkarım algoritmalarının ilk adımı olan gen-gen ilişkilerinin belirlenmesi adımında farklı ilişki çıkarım yaklaşımlarının gen ortak ifade ağlarının performans sonuçlarını değiştirmediği gözlemlenmiştir.

Anahtar Kelimeler — mikroRNA- hedef gen ilişkisi; gen ortak ifade ağlar; gen ağı çıkarım algoritmaları