Kanserde İfadesi Değişen Genlerin Metabolit Ağı Açısından Değerlendirilmesi


Öztürk R., Yılmaz A.

1.Temel Onkoloji Sempozyumu, İzmir, Türkiye, 9 - 11 Mayıs 2018, ss.30

  • Basıldığı Şehir: İzmir
  • Basıldığı Ülke: Türkiye
  • Sayfa Sayıları: ss.30

Özet

Amaç: Bir hastalığa dair önemli genleri bulmak için ifadesi değişen genler (DEG) bulunup zenginleşen
GO terimleri veya yolaktaki genlere odaklanılmaktadır. Bu çalışmada, zenginleşmeyen ama önemli bir
metabolitle ilgili gen bulanamayacaktır. Bu çalışma, yeni bulunmuş L değeri yöntemiyle metabolit
ağında köprü görevi gören, klasik çizge teorisi yöntemleriyle önemi hesaplanamayan düğümleri ve
bununla ilişkili genleri saptayıp ifadesi değişen genler analizine entegre ederek klasik yöntemle gözden
kaçan önemli genleri tespit etmeyi amaçlamaktadır.
Gereç-Yöntem: İnsan Metabolik Atlas veritabanından reaksiyon verileri indirilerek insan metabolik ağı
oluşturuldu. L değeri hesaplanırken bir düğümün kenar sayısı, o kenarların dahil olduğu üçgen sayısı ile
komşu düğümün kenar sayısı kullanılmaktadır. Bu yöntemle oluşturulan insan metabolit ağında
bulunan önemli metabolitler saptandı. BioXpress veritabanından kanserlerde ifadesi değişen genlerin
listeleri bir araya getirdi. Bu listelerdeki genler ile metabolit ağında L değeri yüksek olan metabolitleri
katalizleyen genlerin kesişimi bulundu. Farklı kanserlere ait ifadesi değişen gen listeleri DAVID
veritabanında fonksiyonel zenginleşme analizi yapılarak, zenginleşen gen kümeleri bulundu.
Bulgular: Oluşturduğumuz insan metabolit ağı 9660 düğüm ve 89704 kenar içermektedir. Her bir
düğüm için L değeri hesaplandı. L değeri yüksek olan metabolitler ve onları katalizleyen enzimleri
kodlayan genler belirlendi. BioXpress veritabanından kanserlerde ifadesi değişen genler ile kesişimine
bakıldı. DAVID veritabanında zenginleşen gen kümeleri içinde bulunmayan genlerin L değeri yüksek
olanları tespit edildi.
Sonuç: Çıkan sonuçlar doğrultusunda; ifadesi değişen gen listelerindeki zenginleşme göstermeyen
genlerin de aslında önemli olabileceği, ifadesi değişen gen analizlerinde ağ topolojisini de göz önüne
alan biyokimyasal etkiyi de hesaba katan yaklaşımların fonksiyonel zenginleşme analizi ile gözden
kaçan genlerin belirlenebileceği de gösterildi.
Anahtar Kelimeler: Metabolit ağı, gen ifadesi, kanser