DNA sequence compression within traditional text compression algorithms Geleneksel Metin Sikiştirma Algoritmalari ile DNA Dizilerinin Sikiştirilmasi


ŞEKER A., DELİBAŞ E., DİRİ B.

25th Signal Processing and Communications Applications Conference, SIU 2017, Antalya, Türkiye, 15 - 18 Mayıs 2017

Özet

Özetçe—Bu çalışmada geleneksel metin sıkıştırma algoritmalarının DNA dizilerinin sıkıştırılmasında kullanılması amaçlanmıştır. DNA dizilerindeki kısa tekrarların önemli olduğu görülmüş, bunların sıkıştırmaya olan katkısı incelenmiştir. Sıkıştırma için ardışık olarak çalıştırılan birden fazla algoritma ile bir sistem (pipeline) tasarlanmıştır. Hangi algoritmanın sisteme nasıl bir katkısı olduğu araştırılmış ve özellikle BWT’nin, sıkıştırmaya olan etkisi gösterilmiştir. Sonuçlar, pipeline sistemin, tek başına Huffman kodlamanın sıkıştırma başarısını yakalayamadığı göstermiştir.

Anahtar Kelimeler — DNA dizi sıkıştırma; BWT; RLE; MTF; Huffman kodlama.