Doç. Dr. Alper YILMAZ


Fen-Edebiyat Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü


WoS Araştırma Alanları: Yaşam Bilimleri (LIFE), Biyoloji ve Biyokimya, Moleküler Biyoloji ve Genetik, MATEMATİKSEL VE HESAPLAMALI BİYOLOJİ, BİYOKİMYA VE MOLEKÜLER BİYOLOJİ


Avesis Araştırma Alanları: Yaşam Bilimleri, Biyoinformatik, Moleküler Biyoloji ve Genetik, Genomiks, Temel Bilimler

Metrikler

Yayın

59

Atıf (WoS)

2042

H-İndeks (WoS)

11

Atıf (Scopus)

2154

H-İndeks (Scopus)

12

Atıf (Scholar)

4

H-İndeks (Scholar)

2

Proje

8

Tez Danışmanlığı

12

Açık Erişim

24
BM Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları

Biyografi

2000 yılında Bilkent Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümünden mezun olup aynı yıl The Ohio State University’de doktora yapmaya başlamıştır. HIV virüsü translasyonu konulu doktorasını 2007 yılında tamamlayıp aynı üniversitede yeni nesil dizileme analizi ve genomda kelimeler konularında doktora sonrası çalışma yapmaya başlamıştır. 2012 yılında Yıldız Teknik Üniversitesi’nde öğretim üyesi olarak çalışmaya başlamış, aynı konularda çalışmalarına devam etmektedir.

Eğitim Bilgileri

2000 - 2007

2000 - 2007

Doktora

Ohio State University, Moleküler, Hücresel ve Gelişim Biyolojisi Programı, Amerika Birleşik Devletleri

1996 - 2000

1996 - 2000

Lisans

İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi, Fen Fakültesi, Moleküler Biyoloji Ve Genetik Bölümü, Türkiye

Yabancı Diller

C1 İleri

C1 İleri

İngilizce

Araştırma Alanları

Yaşam Bilimleri

Biyoinformatik

Moleküler Biyoloji ve Genetik

Genomiks

Temel Bilimler

Akademik Unvanlar / Görevler

2018 - Devam Ediyor

2018 - Devam Ediyor

Dr. Öğr. Üyesi

Yıldız Teknik Üniversitesi, Kimya-Metalurji Fakültesi, Biyomühendislik Böl.

2012 - 2018

2012 - 2018

Yrd. Doç. Dr.

Yıldız Teknik Üniversitesi, Kimya-Metalurji Fakültesi, Biyomühendislik Böl.

Akademi Dışı Deneyim

2008 - 2012

2008 - 2012

Doktora sonrası araştırma (Post-doctoral researcher)

The Ohio State University, Doktora sonrası araştırma (Post-doctoral researcher)

Verdiği Dersler

Yüksek Lisans

Yüksek Lisans

Genetik Mühendisliğinde DNA Teknolojileri

Lisans

Lisans

Viroloji

Veri Analizi ve Görüntüleme

Biyoinformatik

Genetik Kavramlar

Biyomühendislikte Matematiksel Modelleme

Temel Bilgisayar Bilimleri Gr.5

Temel Bilgisayar Bilimleri Gr4

Temel Bilgisayar Bilimleri Gr.8

Yönetilen Tezler

2018

2018

Yüksek Lisans

Analysis of biochemical pathway with graph based algorithms

Yılmaz A. (Danışman)

E.RAVZA(Öğrenci) Sürdürülebilir Kalkınma

SCI, SSCI ve AHCI İndekslerine Giren Dergilerde Yayınlanan Makaleler

Hakemli Bilimsel Toplantılarda Yayımlanmış Bildiriler

2020

2020

A New Network-Based Tool to Analyse Competing Endogenous RNAs

Yuka S., Yılmaz A.

16th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications, ISBRA 2020, Moscow, Rusya, 1 - 04 Aralık 2020, ss.274-281 identifier

2019

2019

Prediction of Mutation Susceptibility Based on Solely DNA Sequences with Word2Vec

Darendeli B. N., Kalyon O., Yılmaz A.

12th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics (HIBIT) 2019, İzmir, Türkiye, 17 - 18 Ekim 2019, ss.222-223

2019

2019

Automation of Genetic Screening and Reporting with Snakemake

Kalyon O., Müslümanoğlu M. H., Yılmaz A.

12th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics (HIBIT) 2019, İzmir, Türkiye, 17 - 18 Ekim 2019, ss.219

2019

2019

Reduction of Depression Symptoms via the Metabolites of Gut Microbiota

Mawaldı I., Yılmaz A.

12th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics (HIBIT) 2019, İzmir, Türkiye, 17 - 18 Ekim 2019, ss.218 Sürdürülebilir Kalkınma

2019

2019

Constructing Accurate Compound Networks for Reliable Network Analysis

Alpaydın D., Öztürk R., Yılmaz A.

12th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics (HIBIT) 2019, İzmir, Türkiye, 17 - 18 Ekim 2019, ss.230, (Özet Bildiri) Sürdürülebilir Kalkınma

2018

2018

Breast cancer gene expression profile analysis in terms of genes specific to non- breast tissues

Konuk H. B., Yılmaz A.

1st International Conference of Genomics and Bioinformatics (ICGB), Aydın, Türkiye, 1 - 04 Kasım 2018, ss.30 Sürdürülebilir Kalkınma

2018

2018

Batch Analyis of RNA-Seq Data with Docker in AWS Cloud

Yılmaz A.

ICAMLS 2018 International Conference on Applied Mathematics, Modeling and Life Science Problems, İstanbul, Türkiye, 3 - 05 Ekim 2018, ss.87

2017

2017

What is the relationship between cancer DEGs and tissue specific genes

Konuk H. B., Cesur M. R., Yılmaz A.

Lisansüstü Araştırmalar Sempozyumu ve Tanıtım Günleri, Kocaeli, Türkiye, 17 - 18 Mayıs 2017 Sürdürülebilir Kalkınma

2018

2018

Kanser Teşhisinde Derin Öğrenme ile Sınıflandırma

Darendeli B. N., Al-Qabbani H., Yılmaz A.

1.Temel Onkoloji Sempozyumu, İzmir, Türkiye, 9 - 11 Mayıs 2018, ss.48 Sürdürülebilir Kalkınma

2018

2018

Kanserde İfadesi Değişen Genlerin Metabolit Ağı Açısından Değerlendirilmesi

Öztürk R., Yılmaz A.

1.Temel Onkoloji Sempozyumu, İzmir, Türkiye, 9 - 11 Mayıs 2018, ss.30 Sürdürülebilir Kalkınma

2018

2018

Pinpointing the importance of compounds in human metabolic network

Öztürk E. R., Yılmaz A.

7th International Molecular Biology and Biotechnology Congress, Konya, Türkiye, 25 - 27 Nisan 2018, ss.160

2018

2018

Multifactorial Modelling of MicroRNA Associated Repression and Its Subsequent Effects on Gene Expression in MicroRNA:Target Network

Arı S., Yılmaz A.

7th International Molecular Biology and Biotechnology Congress, Konya, Türkiye, 25 - 27 Nisan 2018, ss.401 Sürdürülebilir Kalkınma

2017

2017

GENERATING LOSSLESS COMPRESSION OF GENOME SCALE K-MER FREQUENCY TABLE AS RASTER IMAGE

KONUK H. B., YILMAZ A.

International Congress on Advances in Bioscience and Biotechnology, Saraybosna, Bosna-Hersek, 25 - 29 Ekim 2017, (Özet Bildiri)

2017

2017

RIGOROUS IDENTIFICATION OF TISSUE SPECIFIC GENES IN SILICO: REVEALING THE INTERPLAY BETWEEN CANCER SPECIFIC EXPRESSION AND TISSUE SPECIFIC EXPRESSION

KONUK H. B., YILMAZ A.

International Congress on Advances in Bioscience and Biotechnology, Saraybosna, Bosna-Hersek, 25 - 29 Ekim 2017 Sürdürülebilir Kalkınma

2017

2017

SURVEY OF CHIMERIC mRNAs IN HIV INFECTED PATIENT RNA-SEQ DATA

KALYON O., YILMAZ A.

10th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, Güzelyurt, Kıbrıs (Kktc), 28 Haziran 2017, (Tam Metin Bildiri) Sürdürülebilir Kalkınma

2017

2017

Prebiotics and Probiotics: Break the ‘Self-Domino Effect’ for obesity Treatment

Özel C., Yılmaz A.

IVEK 3rd International Convention of Pharmaceuticals and Pharmacies, İstanbul, Türkiye, 26 Nisan 2017, ss.338 Sürdürülebilir Kalkınma

2017

2017

Robust and Rigorous Classification of Tissue Specific Genes

KONUK H. B., YILMAZ A.

INTERNATIONAL DNA DAY AND GENOME CONGRESS (IDDGC) 2017, Kırşehir, Türkiye, 24 Nisan 2017

2016

2016

Prediction of splice site using AdaBoost with a new sequence encoding approach

Pashaei E., YILMAZ A., ÖZEN M., AYDIN N.

2016 IEEE International Conference onSystems, Man, and Cybernetics, 9 - 12 Ekim 2016

2016

2016

A Combined SVM and Markov Model approach for Splice Site Identification

Pashaei E., YILMAZ A., Aydini N.

6th International Conference on Computer and Knowledge Engineering (ICCKE), Mashhad, İran, 20 - 21 Ekim 2016, ss.200-204 identifier identifier

2016

2016

A Novel Method for Splice Sites Prediction Using Sequence Component and Hidden Markov Model

Pashaei E., YILMAZ A., Ozen M., AYDIN N.

38th Annual International Conference of the IEEE-Engineering-in-Medicine-and-Biology-Society (EMBC), Florida, Amerika Birleşik Devletleri, 16 - 20 Ağustos 2016, ss.3076-3079 identifier identifier identifier

2015

2015

Utilization of Multiple Mapped Sequences in Next Generation Sequencing Especially in Chip Seq Experiments

ZOR S., YILMAZ A.

International Health Informatics and Bioinformatics Symposium, Muğla, Türkiye, 16 - 17 Ekim 2015

2013

2013

Analyses of EST Collection from Prenatal and Postnatal Mammary Tissue of Sheep

Ömeroğlu Ulu Z., ÜN C., ÖZTABAK K. Ö., YILMAZ A., ÖZDEMİR ÖZGENTÜRK N.

HIBIT 2013 The 8th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics, 25 - 27 Eylül 2013

2009

2009

Construction of genomic regulatory encyclopedias: Strategies and case studies

Alam M., Bitterman T., Drews F., Ecker K., Elnitski L., Evans S., et al.

Proceedings of the Ohio Collaborative Conference on Bioinformatics, 01 Haziran 2009

Desteklenen Projeler

2016 - 2017

2016 - 2017

İnsan Nöroblastoma Hücrelerinde Metal-Uyarıcılı Oksidatif Stresle İndüklenen Alzheimer Modeli

Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje

YILMAZ A. (Yürütücü)

Bilimsel Dergilerdeki Faaliyetler

2021 - Devam Ediyor

2021 - Devam Ediyor

SİGMA

Yayın Kurul Üyesi

Bilimsel Yayınlarda Hakemlikler

Haziran 2013

Haziran 2013

Plant Methods dergisi için makale değerlendirilmesi

SCI Kapsamındaki Dergi

Mart 2012

Mart 2012

Türk Biyoloji Dergisi, BIY-1111-23 nolu makalenin değerlendirilmesi

Hakemli Bilimsel Dergi



Atıflar

Toplam Atıf Sayısı (WOS): 2042

h-indeksi (WOS): 11